Durante la serie, molti dei personaggi principali sono stati messi in primo piano: alcuni di questi, però, nel prosieguo della storia hanno assunto un ruolo più defilato. Al centro del manga ci sono i personaggi del Team 7, composto da Naruto, Sasuke e Sakura. Con l'avanzare della trama, se ne sono aggiunti altri, la cui storia viene di solito approfondita in una singola saga o in poche puntate (ad esempio Sasori, Asuma Sarutobi, Danzo, Rock Lee, Neji Hyuga). Intorno alle vicende degli attori principali si snodano altre sottotrame che sono composte perlopiù da flashback o da racconti di avvenimenti precedenti a quelli trattati nel manga, spesso approfonditi solo nell'anime.
